計算物理屋の研究備忘録

Linux, Cygwin, Mac, zsh, emacs等の使い方、設定などのメモ

Python

ElpyでEmacsのPython統合開発環境を構築

Elpy EmacsでPythonのコードを書く時、自動的に補完候補を出したり、文法チェックをしたり、コードを整形したりと、統合開発環境を構築できるパッケージ。内部では補完とコード解析にcompnayとjedi、文法チェックにはflake8などPythonのパッケージが使われて…

JupyterLabのインストールと設定

目次 JupyterLabのインストール 使い方 設定 ダークテーマ フォント、行番号、codefolding Extension Managerを利用可能にする 拡張機能 @jupyterlab/toc @lckr/jupyterlab_variableinspector JupyterLabのインストール pipでインストールするだけ。 $ pip i…

Jupyter notebookに拡張機能を入れる

公式 github github.com インストール pipで入れて、1行コマンドをうつ $ pip install jupyter_contrib_nbextensions $ jupyter contrib nbextension install --user 設定 jupyterを起動して、ブラウザでlocalhost:8888/nbextensions/にアクセス。 欲しい機…

Jupyter notebook のフォントを変える

Jupyter notebookのデフォルトのフォントは等幅じゃないので、プログラムを書くのに適していない。 フォントを変更するには .jupyter/custom/custom.css(デフォルトではホームディレクトリに作成されるはず。無ければ作る。)に以下のように書き加える .Cod…

起動済みJupyter Notebookにターミナルからディレクトリを開く

Jupyter Notebookは起動したディレクトリから下に潜ることはできても、上に登ることはできない。 ターミナルから複数のJupyterを起動すると鬱陶しくなる。 一つJupyterを起動しておいて、ターミナルのカレントディレクトリをサクッと開きたいと思っていたの…

Flycheckを使ってシンタックスチェック

目次 Flycheck 下準備 インストール 設定 使い方 Flycheck Flycheckは様々な言語に対応しているEmacsのシンタックスチェックパッケージ。今回はPythonでflake8によるPEP8の文法チェックを使えるようにすることを目指した。 下準備 使用するPythonにEmacs上で…

Kivyのインストール

目次 Kivy MacにKivy 1.9.1をインストール 動作テスト Ubuntu 16.04 LTSへインストール Ubuntuのpyenvとanacondaの環境のpythonにインストール 動作テスト PIL --> Pillow 動作テスト2 Kivy kivy.org 公式サイトにあるようにKivyはPythonのクロスプラットフ…

numpy.deleteで行や列を削除

定義 numpy.delete(arr, obj, axis=None) arrはnumpyの配列(array_like) objに削除したいインデックスなどを入れる axisで削除する方向を決める。行とか列とか 一部を削除したnumpyの配列を新しく返す。元のarrはそのままで変わらない 使い方 numpy配列の…

Seabornの色見本

Seabornのメモ 前々回:Seabornのスタイル見本 - 計算物理屋の研究備忘録 前回:Seabornのコンテキスト見本 - 計算物理屋の研究備忘録 グラフも前回のものを使う カラーパレット 公式サイトのチュートリアルを参考 Choosing color palettes — seaborn 0.7.1 …

Seabornのコンテキスト見本

Seabornのメモ 前回:Seabornのスタイル見本 - 計算物理屋の研究備忘録 次回:Seabornの色見本 - 計算物理屋の研究備忘録 コンテキスト 公式サイトのチュートリアルを参考 Controlling figure aesthetics — seaborn 0.7.1 documentation 4つのコンテキストが…

Seabornのスタイル見本

次回:Seabornのコンテキスト見本 - 計算物理屋の研究備忘録 次次回:Seabornの色見本 - 計算物理屋の研究備忘録 Seabornとは matplotlibのグラフのスタイルや配色を見やすくきれいに設定してくれる便利なやつ。基本的にはmatplotlibを使うときにちょっと付…

pickleの代わりにjoblibを使って永続化する

joblib.dumpの方が簡単で効率的 プログラムの出力結果をpythonでpandasなどを使って処理してmatplotlibで絵を描くということをよくやる。pythonで加工したデータをなるべく容量小さくまとめて、pythonのオブジェクト形式?を保ったまま保存したい。 デフォル…

Macにpyenvを使ってPython環境を構築

pyenvのインストール 公式サイト github.com ---------2019/12/20 追記--------- pyenv-pip-rehashは最近のpyenvではデフォルトでバンドルされているので必要なくなった 一緒にpyenv-pip-rehashも入れる。 GitHub - pyenv/pyenv-pip-rehash: Never run `pyen…

matplotlibでスプライン補間

目次 必要なもの 適当なグラフを用意 3次スプライン補間 必要なもの python scipy numpy matplotlib scipyとかはanacondaのcondaコマンドでインストールするといい。 適当なグラフを用意 適当にデータを用意する。普通に線でつなぐと当然直線になる。 import…

Pythonでpandasを使う

目次 インストール import 使い方 csvファイルの読み込み csvファイルをデータフレームとして読み込む コンマ区切りじゃないとき headerが無い場合 最初の数行をskip n行目をskip カラム名を指定して読み込む カラム名、インデックス名を変える データの参照…

Jediを使ってPythonのコード補完

---------- 2020/1/6 追記 ---------- 最近はelpyを使うのが主流。elpyがjediの設定などをやってくれるので直接jediをどうこうするよりもelpyにまかせた方がいい。 keisanbutsuriya.hateblo.jp ---------- 追記終了 ---------- いろいろと試行錯誤しながらプ…

ipythonでmatplotlibのグラフをinline表示する

Jupyter qtconsole and notebook Ubuntuでcondaコマンドを使ってipython qtconsoleとipython notebookを入れた。両方共jupyterというプロジェクト?になっているらしい。matplotlibのグラフをinline表示したいときのコマンド $ ipython qtconsole --matplotl…

Scipyとmatplotlibで球ベッセル関数、球ノイマン関数をプロット

目次 必要なもの scipyのインストール python スクリプト プログラムメモ from scipy.special import sph_jn, sph_yn x = np.linspace(xmin, xmax) jn = np.vstack([jn, sph_jn(lmax, i)[0]]) plt.savefig("spherical_Bessel.png", bbox_inches="tight") グ…

matplotlibのデフォルトのバックエンドをPyQt4にする

目次 目次 PyQt4のインストール Linux Anaconda Miniconda Cygwin Windows matplotlibrcの設定 PyQt4のインストール Linux Anaconda pipからインストールはできないっぽいので、Anacondaをインストールするのが手っ取り早い。 store.continuum.io 新しくpyth…

matplotlibでグラフの線を消す

目次 目次 とりあえず消す方法 線 塗りつぶし しっかり管理する方法 線 塗りつぶし とりあえず消す方法 線 2本の線を書く。 In [1]: plt.plot([1,2,3]) Out[1]: [<matplotlib.lines.Line2D at 0x6fffdde8a50>] In [2]: plt.plot([2,4,6]) Out[2]: [<matplotlib.lines.Line2D at 0x6fffd705790>] current axesの線の確認はplt.gca().linesというコマ</matplotlib.lines.line2d></matplotlib.lines.line2d>…

ipythonの設定

今まではipython --pylabでpylabモードを使って起動していたが、公式サイトを見るとpylabは今では推奨されない方法らしい。 ipythonで起動してから、numpyとかを毎度毎度インポートするのはめんどくさいので、自動でインポートするようにする。 デフォルトの…

Cygwinでlxmlをインストール

PythonでXMLファイルを扱うためのライブラリ,lxml。 Cygwinでpipを使ってインストールしようとしたら何かのライブラリが足りなくてエラーが出た libxml/xmlversion.h: No such file or directory Cygwinではpython-lxmlとして公式に配布されているので、setu…

pyenvを使ってPython環境を構築

目次 目次 pyenv インストール Mac git 設定 使い方 コマンド一覧 実際にpython2とpython3をインストールしてみる バージョンを切り替える pyenv pyenvを使うと簡単に複数のバージョンのpython環境を構築でき、使いたいときに切り替えることもできる。好きな…

percolのインストールと設定

---------- 2018/11/22 追記 ---------- pecoに乗り換えた keisanbutsuriya.hateblo.jp ---------- 追記終了 ---------- percol Pythonで書かれたツール。コマンドラインでEmacsのanything的なことができる GitHub - mooz/percol: adds flavor of interactiv…

rmをtrash-cliに置き換える

2015/03/21 追記 pythonのバージョンの関係だったり、サーバーの都合だったりでtrash-cliはうまく動いてくれないときもある。 使うのを止めた。 今はrmをmvに置き換えている rmをmvに置き換える - 計算物理屋の研究備忘録 trash-cli rmコマンドは一度消した…

管理者権限のない環境でpipを使えるようにしてPython環境を整える

2015/03/21 追記 管理者権限のないLinux環境ではpyenvを使ってPython環境を構築した方がいい 最新バージョンのpythonであればpipはデフォルトで使える pyenvを使ってPython環境を構築 - 計算物理屋の研究備忘録keisanbutsuriya.hateblo.jp 追記終了 pipとは …